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同样是回收流动性，与公开市场操作相比，提高存款准备金率这一措施减少了央行的利息支出，同时增加了银行体系的低收益资产配置。
在2006年11月24日召开的第二届中国经济论坛上，央行副行长吴晓灵做出了“央行收回流动性的政策出发点与当前宏观经济运行状况没有必然联系”的表态，并称在今后一段时间内，交替使用存款准备金率与公开市场业务是较好的货币政策组合。
吴晓灵还说，“在这种情况下，回收流动性的两个工具，一是公开市场，二是提高法定存款准备金率，这两种政策工具在实际效果上没有太大区别，区别在于价格。”
中国社科院金融研究所所长李扬在12月初的演讲中表示，央行选择准备金率政策的部分原因是成本因素。李扬在演讲中表示，央行应该独立于市场。
目前一年期限央票数量招标的利率为2.7961%左右，而存款准备金利率为1.89%。
中金公司首席经济学家哈继铭对记者称，准备金资金、央行票据等低收益资产在银行整个资产配置中的占比如果增高的话，银行会有更大的自身压力去增加贷款等高收益资产配置。
但对关心央行成本问题的人士来说，以下一组数据可以打消一些疑惑。渣打银行高级经济学家王志浩日前完成了一份测算，他将央行的
外汇储备收益当成央行的收入项，而央票利息支出、准备金和超额准备金利息支出、汇兑损益作为央行的支出项进行测算，发现2006年是央行“很值得高兴的一年”。
根据测算，2006年央行大约净盈利2270亿元人民币，相当于290亿美元。其中，他测算的外汇储备投资收益大致为3430亿元；支出方面，支付央票利息430亿元，支付准备金和超额准备金利息470亿元，由于
汇率变动带来的汇兑损益为260亿元，成本共计为1160亿元人民币。
此外除了成本问题，应该看到公开市场操作与准备金率政策还有其他的重要区别。
中国社科院金融所研究员彭兴韵对记者表示，首先，准备金率调整具有强制性，而2006年四季度央票数量招标就有多次流标；其次，准备金的期限有很强的约束性，而央票在一年之后会到期，在当前国际收支双顺差趋势短期难以改变的情况下，准备金政策对流动性控制显然更为有效。
但彭兴韵也表示，在大额支付体系建设等背景之下，目前国际上的趋势是取消法定存款准备金政策，中国以后也必然要改革，现在越调越高给以后的改革带来了压力，因为改革意味着被锁定的货币将大规模投放市场。